如何进行快速恒温扩增?
RDA快速恒温扩增技术原理
RDA, Recombinase Depend Amplification, 是以重组酶介导的快速等温扩增技术。
RDA 反应所需要的关键酶是能结合单链核酸(寡核苷酸引物)的重组酶(KX)、DNA 单链结合蛋白(SSB)和链置换DNA 聚合酶(Bsu)。 RDA反应具体过程为:
a. 首先,针对目标DNA片段设计一对正向和反向引物,重组酶KX与引物结合形成复合物,该复合物在双链DNA 模板中寻找靶位点;
b. 一旦找到靶位点,复合物在模板上定位后可直接引发链交换反应形成D 状环,SSB 随即结合被置换的DNA单链,形成D-Loop 结构;
c. 重组酶-引物复合物主动水解体系中的ATP 导致复合物构象改变而解离,重组酶解离后引物3'端暴露并被Bsu识别,Bsu按照模板序列在引物3'端添加相应碱基,DNA扩增反应启动;
d. Bsu在延伸引物的同时,继续解开模板的双螺旋DNA结构,DNA 合成过程继续进行;
e. 正反向两条引物扩增完成即形成一个完整的扩增子。在合成过程中,母板双链始终是分开的,正向和反向引物让链的合成从两个方向同时进行。该循环反复扩增进行,并最终导致要扩增的双链DNA的指数增加。
跟其他等温核酸扩增技术以及PCR技术相比,RDA恒温扩增技术主要表出以下5个优势:
(1)RDA 技术拥有快速的反应效率,样本与试剂一接触便开始反应,不需要进行DNA 双链的变性裂解,在20 min 内得到检测结果;
(2)RDA 反应在恒温下即可进行(37~42℃),不需要热循环仪进行核酸扩增,所需设备简单、经济;
(3)RDA 技术可检测RNA、miRNA、ssDNA 以及dsDNA 样本,检测范围较广泛
(4)RDA 检测试剂盒操作简单,不需要复杂的技术培训;
(5)RDA检测形式多样,可开发成为便携式核酸检测体系,用于现场快速检测。
利用RDA可以开发出低成本、高效、精准的POCT分子检测。RDA快速等温扩增技术有着巨大的发展前景。
在检测新冠状病毒COVID-19病毒的实验中,RDA检测到病毒的时间可以缩短到10分钟以内,灵敏度可以检测到少于10个拷贝的病毒,灵敏度达到临床的要求。
RDA、PCR、LAMP三种DNA片段体外恒温扩增技术比较
| 检测方法 | RPA技术 | PCR技术 | LAMP技术 |
| 酶组分 | 重组酶、单链DNA结合蛋白、链置换DNA聚合酶(Bsu DNA 聚合酶) | 常规Taq酶 | 链置换DNA聚合酶 (Bst DNA 聚合酶) |
| 最适反应温度 | 37-40℃ | 95℃-55℃-72℃ | 60-65℃恒温 |
| 反应时间 | 最快可低至10分钟左右 | 1.5-2小时 | 15-40分钟 |
| 引物数 | 1对 | 1对 | 2-3对 |
| 试剂状态 | 液体 | 液体 | 液体 |
| 检测方式 | 电泳、探针法、荧光定量侧流试纸 | 电泳、探针、胶体金法检测 | 电泳检测、比浊检测 |
| 检测设备 | 无需任何仪器或简单便携设备 | PCR扩增仪、荧光定量PCR扩增仪 | 水浴锅或恒温箱 |
| 检测材料价格 | 价格相对较高 | 价格便宜 | 价格便宜 |
| 气溶胶污染 | 常温扩增,几乎没有污染,可真正意义上脱离PCR实验室 | 需要专业的PCR实验室和专业的操作,否则污染机率极高 | 高温扩增,需要保证没有交叉污染 |
| 灵敏度 | 灵敏度高,特异性强(10拷贝) | 灵敏度高,特异性强 | 易出现假阳性(10拷贝) |
| 操作 | 简单便捷 | 需要专业度极高的操作要求,需要专门培训设备操作 | 简单便捷 |
| 适用样品 | 病毒、细菌、转基因、寄生虫等 | 通用 | 病毒、细菌、转基因、寄生虫等 |
返回首页