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RDA快速恒温扩增技术

如何进行快速恒温扩增?

RDA快速恒温扩增技术原理

RDA, Recombinase Depend Amplification,   是以重组酶介导的快速等温扩增技术。

RDA 反应所需要的关键酶是能结合单链核酸(寡核苷酸引物)的重组酶(KX)、DNA 单链结合蛋白(SSB)和链置换DNA 聚合酶(Bsu)。 RDA反应具体过程为:

a.   首先,针对目标DNA片段设计一对正向和反向引物,重组酶KX与引物结合形成复合物,该复合物在双链DNA 模板中寻找靶位点;

b.   一旦找到靶位点,复合物在模板上定位后可直接引发链交换反应形成D 状环,SSB 随即结合被置换的DNA单链,形成D-Loop 结构;

c.   重组酶-引物复合物主动水解体系中的ATP 导致复合物构象改变而解离,重组酶解离后引物3'端暴露并被Bsu识别,Bsu按照模板序列在引物3'端添加相应碱基,DNA扩增反应启动;

d. Bsu在延伸引物的同时,继续解开模板的双螺旋DNA结构,DNA 合成过程继续进行;

e. 正反向两条引物扩增完成即形成一个完整的扩增子。在合成过程中,母板双链始终是分开的,正向和反向引物让链的合成从两个方向同时进行。该循环反复扩增进行,并最终导致要扩增的双链DNA的指数增加。

跟其他等温核酸扩增技术以及PCR技术相比,RDA恒温扩增技术主要表出以下5个优势:

(1)RDA 技术拥有快速的反应效率,样本与试剂一接触便开始反应,不需要进行DNA 双链的变性裂解,在20 min 内得到检测结果;

(2)RDA 反应在恒温下即可进行(37~42℃),不需要热循环仪进行核酸扩增,所需设备简单、经济;

(3)RDA 技术可检测RNA、miRNA、ssDNA 以及dsDNA 样本,检测范围较广泛

(4)RDA 检测试剂盒操作简单,不需要复杂的技术培训;

(5)RDA检测形式多样,可开发成为便携式核酸检测体系,用于现场快速检测。

利用RDA可以开发出低成本、高效、精准的POCT分子检测。RDA快速等温扩增技术有着巨大的发展前景。

在检测新冠状病毒COVID-19病毒的实验中,RDA检测到病毒的时间可以缩短到10分钟以内,灵敏度可以检测到少于10个拷贝的病毒,灵敏度达到临床的要求。


rda, rpa恒温扩增技术

RDAPCRLAMP三种DNA片段体外恒温扩增技术比较


检测方法

RPA技术

PCR技术

LAMP技术


酶组分

重组酶、单链DNA结合蛋白、链置换DNA聚合酶(Bsu DNA 聚合酶)

常规Taq

链置换DNA聚合酶

(Bst DNA 聚合酶)


最适反应温度

37-40

95-55-72

60-65℃恒温


反应时间

最快可低至10分钟左右

1.5-2小时

15-40分钟


引物数

1

1

2-3


试剂状态

液体

液体

液体


检测方式

电泳、探针法、荧光定量侧流试纸

电泳、探针、胶体金法检测

电泳检测、比浊检测


检测设备

无需任何仪器或简单便携设备

PCR扩增仪、荧光定量PCR扩增仪

水浴锅或恒温箱


检测材料价格

价格相对较高

价格便宜

价格便宜


气溶胶污染

常温扩增,几乎没有污染,可真正意义上脱离PCR实验室

需要专业的PCR实验室和专业的操作,否则污染机率极高

高温扩增,需要保证没有交叉污染


灵敏度

灵敏度高,特异性强(10拷贝)

灵敏度高,特异性强

易出现假阳性(10拷贝)


操作

简单便捷

需要专业度极高的操作要求,需要专门培训设备操作

简单便捷


适用样品

病毒、细菌、转基因、寄生虫等

通用

病毒、细菌、转基因、寄生虫等



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