RNA测序（RNA-seq）是最近兴起的一种基因表达研究技术，不仅可以对基因表达的情况进行整理、归类（cataloging），也可以对基因表达情况进行比较。　

通常来说，某一个物种体内所有细胞里含有的DNA都应该是一模一样的，只是因为每一种细胞里所表达的RNA之间存在差异，才使这些细胞有所区别。　

我们往往喜欢将某一个物种的基因组比喻成该物种的“生命秘籍（book of life）”。可为了解决基因表达问题，我们还需要另外一本秘籍。那就是转录组，我们不妨将之比作“生命杂志（newsstand of life）”，如下图所示。

转录组重建工作，就好像是把被碎纸机粉碎的杂志又一本本地重新拼接起来。

　　从理论上来说，RNA测序其实是一个非常简单的过程，只需要分离、得到RNA样本，然后用高通量测序仪对这些RNA样本进行测序，最后拼接出RNA序列就行了。那么问题究竟出在哪里呢？主要存在以下几个方面的问题：

1. 我们获得的RNA样本与我们拿来最比较的基因组可能不是同一个来源的。这一点在人类基因组研究工作中尤为突出，因为人类参照基因组就是来自好几个人的基因组序列；

2. RNA样本的制备过程可能有问题，其中包含了未经充分处理的RNA，或者其它转录子的噪音。而且测序的深度越深，这种问题就表现得越明显，这也刚好解释了为什么测序深度比较深的时候转录子重建工作的准确率会下降；

3. 测序技术本身的问题。绝大部分测序技术都会使用到PCR反应，而我们都知道，PCR反应对GC含量高的序列比较“排斥”，所以这个测序过程本身就会自然而然地“偏向”GC含量低的序列。

分辨出哪些RNA序列是真正的序列，哪些只是噪音信号是一个技术大难题，这可能也是导致众多算法所得出的结论千差万别的主要原因。