原核转录组测序基于NGS高通量二代测序，去除rRNA后构建链特异性文库，可以研究特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括 mRNA和非编码RNA。通过原核转录组测序，可以进行基因的结构功能及表达调控研究， 具有广泛的应用前景。

原核转录组测序是基于HiSeq平台，构建链特异性文库研究原核生物在某个时期或者在某种环境条件下转录出来的所有mRNA。由于原核生物mRNA没有polyA 尾结构，需要去除rRNA的特点，针对不同的研究物种，美格生物会采取有效的方法去除rRNA，保证数据量。