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美格生物防PCR扩展污染的UDG酶和UNG酶的区别

作者:Magigen

UDG与UNG有什么不同?

在PCR扩增反应中人们经常用UDG酶或者UNG酶来预防污染。

许多人经常问UDG与UNG有什么区别?还是一样的东西?

为什么一些主混合物包含UNG和其他主混合物包含UDG?

为了回答这个问题,美格君首先需要让大家明白,这两者都是用来防止PCR反应的污染情况的,实际目的没有区别。

UDG酶,尿嘧啶DNA糖苷酶,是一种进化的、保存完好的DNA修复酶。UDG酶是一个由六个亚家族组成的超级酶家族。I类UDG酶以尿嘧啶-N-糖苷酶基因命名,简称UNG。UDG和UNG这两个术语通常可以互换使用,因为它们在qPCR中具有相同的功能,即防止携带污染。

其生物学功能是从DNA中去除通常存在于RNA中的尿嘧啶,在DNA中产生游离尿嘧啶和碱敏感无嘧啶位点。UNG通过催化尿嘧啶和糖之间的N-糖基键水解,去除并入单链和双链DNA的尿嘧啶。最值得注意的是,这种酶更喜欢作用于单链尿嘧啶模板。


如何在qPCR中使用UNG/UDG?

由于PCR可以扩增非常微量的DNA,因此防止污染至关重要:即使是少量的污染也会在实验中产生假阳性。污染可能包括来自其他样本的交叉污染、来自实验室其他地方的DNA污染,以及来自先前PCR实验中使用的扩增产物和引物的携带污染。后者会导致PCR中出现的许多假阳性结果。防止污染是困难的。必须制定特殊的实验室程序,以确保剩余的DNA残留物不会在后续实验中再次扩增。

UNG可以专门降解已经通过PCR过程的产品。UNG允许之前的PCR扩增或错误启动的非特异性产物降解,保留用于扩增的天然核酸模板完好无损。UNG激活是PCR的第一步,在50°C培养2分钟。

UNG在含有dU的单链和双链DNA上具有活性,但dUTP不是UNG的底物。Taq聚合酶和PCR混合物的其他成分不受UNG处理的影响。只有残留产品才能通过UNG处理去除。


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