DNA分子的断裂和重新连接导致遗传信息的重新组合，称为重组（recombination）。DNA重组包括同源重组（homologous recombination）和位点特异性重组（site-specific recombination）。

同源重组是指发生在姐妹染色单体（sister chromatin) 之间或同一染色体上含有同源序列的DNA分子之间或分子之内的重新组合。在基因敲除小鼠制作过程中，需要针对目的基因两端特异性片段设计带有相同片段的重组载体，将重组载体导入到胚胎干细胞后外源的重组载体与胚胎干细胞中相同的片段会发生同源重组