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全基因组分析确定胰腺癌五个易感基因位点

作者:Alison P. Klein, Brian M. Wolpin,  Laufey T. Amund来源:nature

在美国癌症相关死亡病例中,胰腺癌是目前的第三大原因,在欧洲,是第五大原因。

估计在2020年, 将有146063例胰腺癌死亡病例发生在欧洲和美国。

通过全基因组关联研究(GWAS)显示, 遗传易感性通过已知基因的突变,在胰腺癌的风险中扮演重要角色。

为了确定共同的易感基因,我们进行了至今为止最大规模的胰腺癌全基因组关联研究GWAS,使用来自胰腺癌队列联盟(PanScan)和胰腺癌病例对照联盟(PanC4)的欧洲血统数据,包括9040患者和12496例对照组。

在 rs78417682 (7p12/TNS3,P= 4.35 × 10−8),我们发现了明显的新的关联证据。

从胰腺疾病研究联盟 (PANDoRA) 的2737名患者和4752名对照组中,复制10个乐观的信号,产生了新的全基因组显著位点:

rs13303010 ,在 1p36.33 (NOC2L,P= 8.36 × 10−14)

rs2941471,   在 8q21.11 (HNF4G,P= 6.60 × 10−10)

rs4795218,   在 17q12 (HNF1B,P= 1.32 × 10−8)

rs1517037    在 18q21.32 (GRP,P= 3.28 × 10−8).

PANDoRA数据中,rs78417682与胰腺癌的关系统计不显著。

在三个独立的胰腺数据集中,表达数量性状位点分析提供了分子的支持,证明NOC2L是胰腺癌易感基因。

新胰腺癌易感区的关联结果、重组热点和LD图

新胰腺癌易感区的关联结果、重组热点和LD图。

每个图片面板的上半部分显示为panscanⅠ+Ⅱ、PanScan III和PanC4(灰色方块)的荟萃分析的关联结果。

在每个位点复制的SNP标记,结果显示为PANDoRA(浅蓝色钻石)和荟萃分析结果(红钻石)。

覆盖部分是概率统计估计的假定重组热点,这是基于 1000 G Phase 3 CEU数据的推理。

基因组坐标绘制在X轴(基因组构建hg19),P值的关联分析是左边的Y轴显示,重组热点概率比在右边的Y轴。

每组图下半部分显示的是LD热图。

LD ,linkage disequilibrium 连锁不平衡


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参考文献

Genome-wide meta-analysis identifies five new susceptibility loci for pancreatic cancer

Alison P. Klein, Brian M. Wolpin,   Laufey T. Amundadottir


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