全基因组分析确定胰腺癌五个易感基因位点

在美国癌症相关死亡病例中，胰腺癌是目前的第三大原因，在欧洲，是第五大原因。

估计在2020年, 将有146063例胰腺癌死亡病例发生在欧洲和美国。

通过全基因组关联研究（GWAS）显示， 遗传易感性通过已知基因的突变，在胰腺癌的风险中扮演重要角色。

为了确定共同的易感基因，我们进行了至今为止**规模的胰腺癌全基因组关联研究GWAS，使用来自胰腺癌队列联盟（PanScan）和胰腺癌病例对照联盟（PanC4）的欧洲血统数据，包括9040患者和12496例对照组。

在 rs78417682 (7p12/TNS3,P= 4.35 × 10−8)，我们发现了明显的新的关联证据。

从胰腺疾病研究联盟 (PANDoRA) 的2737名患者和4752名对照组中，复制10个乐观的信号，产生了新的全基因组显著位点：

rs13303010 ，在 1p36.33 (NOC2L,P= 8.36 × 10−14)

rs2941471，   在 8q21.11 (HNF4G,P= 6.60 × 10−10)

rs4795218，   在 17q12 (HNF1B,P= 1.32 × 10−8)

rs1517037    在 18q21.32 (GRP,P= 3.28 × 10−8).

PANDoRA数据中，rs78417682与胰腺癌的关系统计不显著。

在三个独立的胰腺数据集中，表达数量性状位点分析提供了分子的支持，证明NOC2L是胰腺癌易感基因。

新胰腺癌易感区的关联结果、重组热点和LD图。

每个图片面板的上半部分显示为panscanⅠ+Ⅱ、PanScan III和PanC4（灰色方块）的荟萃分析的关联结果。

在每个位点复制的SNP标记，结果显示为PANDoRA（浅蓝色钻石）和荟萃分析结果（红钻石）。

覆盖部分是概率统计估计的假定重组热点，这是基于 1000 G Phase 3 CEU数据的推理。

基因组坐标绘制在X轴（基因组构建hg19），P值的关联分析是左边的Y轴显示，重组热点概率比在右边的Y轴。

每组图下半部分显示的是LD热图。

LD ,linkage disequilibrium 连锁不平衡

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参考文献

Genome-wide meta-analysis identifies five new susceptibility loci for pancreatic cancer

Alison P. Klein, Brian M. Wolpin,   Laufey T. Amundadottir

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