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一、测序原理Nanopore是一种单分子,实时测序的新一代测序方法，其以单分子DNA（RNA）通过生物纳米孔的电流变化推测碱基组成而进行测序。具体测序原理如下图所示：
图1： Nanopore 测序原理 1. 解螺旋，将双链DNA解开成单链。 2. DNA单链分子通过一个孔道蛋白，孔道中有个充当转换器的蛋白分子。 3. DNA单分子停留在孔道中，有一些离子通过带来电流变化，而不同的碱基带来的电流变化是不同的。 4. 转化器蛋白分子感受5个碱基的电流变化。 5. 根据电流变化的频谱，应用模式识别算法得到碱基序列。 二、测序读长因为测序原理无需要DNA聚合酶的链式反应，所以不存在DNA聚合酶的失活问题，理论上只要DNA分子不断开，就一直可以通过纳米孔，目前在对于人和大肠杆菌的测序种观测到的read是1Mb。 表格1：三种不同建库方法Nanopore测序情况
Ligation建库方法测序读长的readN50达到14k左右，超长建库方法read N50达到 100k。
三、测序准确率Nanopore测序准确率和Pacbio持平，为86%左右。 测序read的平均准确率为90%（如图二所示），如果选择1D2测序方式，即对于DNA的正负链都进行测序，可以达到96%的准确率。详细的情况见图2。
图2 A：Nanopore 对于DNA进行1D和1D2 测序的read平均质量值B: Nanopore测序错误率分布。
四、优势基于 Oxford Nanopore 测序技术，对动植物基因组进行测序及拼接组装（纯三代组装），较好地解决了传统测序组装技术中高杂合度、高度重复区域、异常 GC 含量区域等诸多组装难题，极大提升了大基因组的组装指标，重新定义了 ContigN50、Scaffold N50 指标——采用纯三代组装的基因组组装指标，是过去二代测序策略的 10-20 倍以上。 这不但令许多复杂基因组物种能够获得更精确的基因组参考序列，也为近缘物种的基因组差异分析提供了更好的解决方案：•单个物种的基因组组装与研究（特别是高杂合度、高重复性、多倍体等复杂基因组）•同种不同亚种或同属不同种的基因组组装与比较基因组分析
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