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lncRNA测序技术简介: 长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,不具有生物学功能。然而,近年来的研究表明lncRNA能在表观遗传、转录及转录后水平上调控基因表达,参与了X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程,与人类疾病的发生、发展和防治都有着密切联系。 lncRNA 在剂量补偿效应(Dosage compensationeffect)、表观遗传调控、细胞周期调控和细胞分化调控等众多生命活动中发挥重要作用,成为遗传学研究热点。 lncRNA通常较长,具有mRNA样结构,有些具有poly(A)尾巴,有些没有poly(A)尾巴,分化过程中有动态的表达与不同的剪接方式,与编码基因相比,lncRNA表达量更低。 lncRNA特征:组织特异性:不同组织之间的lncRNA表达量不同。 时空特异性:同一组织或器官的不同生长阶段,其中的lncRNA表达量也会变化。lncRNA的亚细胞位置上也呈多样化,在细胞核、细胞质和细胞器均有分布,甚至某些 lncRNA具有独特的亚细胞位置,有可能是全新的亚细胞构成。 lncRNA在肿瘤与其他疾病中可作为生物标记。 服务流程:1. 提取总的RNA 2. 去除核糖体RNA 3. 文库构建 4. 测序 5. 生物信息学分析 分析内容:1、鉴定已知lncRNAs; 2、预测新的lncRNAs; 3、lncRNAs的序列进化和表达模式进化分析; 4、lncRNAs表达量的评估和差异表达分析; 5、lncRNAs的调节和组织特异性分析; 6、lncRNAs的共表达网络分析; 7、lncRNAs的GO功能分析。 案例分享:Cell research: 运用RNA-seq技术次首发现中国人群特异的前列腺癌融合基因研究目的 寻找与前列腺癌相关的非编码RNA、融合基因等,为进一步了解前列腺癌的诊断、发病演化机制和种族差异性提供线索。 材料方法 14个中国前列腺癌病人的的癌变组织与正常组织;Illumina测序平台,平均测序量为5.98G/样品。 研究结果 1、在欧美人群中普遍高频表达(50-80%)的融合基因TMPRSS2-ERG在中国人群中的表达率仅有20%左右,而在欧美人群中尚未发现的融合基因CTAGE5-KHDRBS3和USP9Y-TTTY15在中国人群中却有很高的表达频率,分别为37%和35.2%; 2、对多个差异性表达的长链非编码RNA进行验证表明:PCA3,FR0348383 和 MALAT-1在癌组织中的过表达率分别为80%,72.5%和82.5%,FR0257520 在癌组织中的低表达率为82.5%; 3、绘制了中国人群特异性的前列腺癌图谱,提出了3条关键信号通路。 参考文献 Shancheng Ren, et al. RNA-seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifies recurrent gene fusions, cancer-associated long noncoding RNAs and aberrant alternative splicings. Cell research 22(5): 806-821(2012). 相关阅读 Magigen T7核酸内切酶I / T7 Endonuclease I Magigen耐高温RNase HII-核糖核酸酶 - rhPCR好帮手! Magigen Bst DNA聚合酶 - 与环介导恒温扩增LAMP技术完美结合 Magigen LAMP试剂盒 - 环介导恒温扩增技术典范 Magigen一步法RT-qPCR预混液试剂盒-轻松搞定反转录qPCR |