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牛津纳米孔公司与阿联酋签订价值6800万美元的合同

牛津纳米孔技术公司最近与阿拉伯联合酋长国签署了一份价值6800万美元的合同,扩大在阿拉酋的测序项目,该合同提高了2022年和2023年的财务指标。

公司周三发布公告,计划在2022年发布一种新的化学方法、以及一些新的硬件。 这是该公司自9月份在伦敦证券交易所上市以来的首次产品和业务更新。

牛津纳米孔径在其招股说明书中表示,预计2023年的收入将在1.65亿英镑(2.193亿美元)至1.75亿英镑之间。但在上月与G42实验室签订了为期三年、价值6800万美元的合同后,该公司将2023年的收入指标提高到1.7亿至1.9亿英镑之间。它还引入了2022年的收入指引,在1.35亿英镑到1.45亿英镑之间。该公司保持其2021的收入指引在1亿500万英镑至111英镑的范围内,公司不希望从今年的交易中获得过多的收入。

牛津纳米孔首席技术官克莱夫·布朗(Clive Brown)和其他公司官员在本周举行的该公司用户会议上发表了一次以技术为中心的演讲,重点介绍了正在进行的研发工作。

公司5月首次披露的PromethIon 2(P2)平台将有两种款式。标准P2将于明年第二季度中期推出,每台设备售价59955美元,提供带图形处理单元的车载计算,而价格为10455美元的小型P2 Solo将需要连接到计算机或具有车载计算功能的设备,如Gridio。消耗品的定价可以使人类全基因组测序的成本下降至不到1000美元/样本。该公司还致力于更新MinIon Mk1C便携式测序平台,该平台将以苹果iPad Pro为基础。

P2 SoLo真的能让用户弥合Mixon和Primion 24/P48之间的差距,对那些偶尔需要为每个样本生成大量序列数据,但又没有足够的样本来运行大型仪器的研究人员来说,可能非常有用。

P2 Solo的测序输出高达约600GB,与其他设置相比具有相当的竞争力。

牛津纳米孔公司还通过其新的Q20+试剂盒来宣传其在提高准确性方面的成果,该试剂盒以新的孔蛋白和马达蛋白为特点,以及一个长期方案,使其设备能够对单个分子重新排序,以达到用户所需的一致准确性。

这种能力可以实现液体活检应用,该公司正在为此开发一种可以接受原始样本的新型流动槽室。

Q20+套件和P2工具在公司上市前就已经发布,这次公告提供了更多细节。

新的R10.4纳米孔和e8.1马达蛋白以及软件改进使原始读取精度得以提高。但比目前的工具慢了一点。通过气孔的速度已经降低到每秒250个碱基左右。然而,测序速度取决于所使用的特定基址调用算法。

该试剂盒可以利用“双链”读取,即DNA的互补链在物理上和计算上连接起来。双工读取的模式精度大约在Q30左右。

客户也得到了类似的结果。荷兰生物公司KeyGene的科学家亚历山大·维滕伯格说:“对于玉米,我们生成了长度约100kb的双链reads,当与金标准参考基因组校对时,显示了99.94%的一致性。”。

他指出,使用植物特有的碱基,即使使用单reads,新的化学材料也得到了令人惊叹的、接近端粒到端粒的集合。

他说:“我们获得了符合标准的集合,甚至超过了[太平洋生物科学]的基于HIFI的集合,它们具有连续和一致的准确性。”

从长远来看,牛津纳米孔公司还试图通过提供每个分子两次以上的读数来提高精度。该公司又绕回到了一种纳米孔和马达蛋白结构,这种结构使分子“脱离”蛋白质,与电场方向相反。这种所谓的“挤出”化学反应允许测序装置将核酸带回孔中,以便再次测序。

研究人员可以一次又一次地重读单个分子,基本上可以根据需要重读多少次。该策略还允许该设备在测序之前确定分子的大小,甚至可以让它只对一定大小的分子进行测序。

使用一种未经优化的化学方法,对同一分子的三次读取可以产生99.5%的中位准确度。在达到想要的准确度之前,你可以进行碱基判读basecalling 和评估。结合自适应取样技术,研究人员可以从纳米孔中排出与预先定义的序列不匹配的分子,扫描非常罕见的序列,比如癌症驱动突变或生态环境中的稀有动物基因组。

这种方法可以用于液体活检,牛津纳米孔公司也正在为这种应用开发新的硬件。在明年年中之前,有一个用于此目的的原型流动槽室。流动槽室将接受原始样本作为输入,DNA将通过电泳转移到检测室。在内部,该公司正在使用一种改进的MinIon流动槽室。

该公司正在开发一款碱基识别软件basecaller,可在谷歌Chrome等网络浏览器中运行。

该公司还在开发Minion Mk1D便携式测序平台。像Mk1C一样,它将由一个集成了MinIon流动槽室的外壳组成,但使用基于互联网的basecaller和5G连接,它几乎可以在任何地方运行。使用在安装了苹果新的专有微处理器的iPad Pro上运行,速度是每秒100 kb,这接近P2级性能。

Mk1D可能在2022年底前上市。

Mk1D可以使测序更加普遍。与Mk1C一样,它可以在实验室环境之外(如温室或田间)进行测序和分析。

在其他方面,该公司正在继续增加称为识别甲基化碱基的能力。Oxford Nanopore已经能够识别5mC和5hmC修改,正在添加6mA,然后添加5AC、5fC和4mC。

它还在MinKnow操作软件中增加了对短片段进行测序的功能,以便在计数应用程序中使用。


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