|
|
用S基因缺失分析方法检测新冠病毒奥密克戎Omicron变种作者：Magigen 随着高度变异的奥密克戎Omicron SARS-CoV-2变种成为全球关注的主要问题，世界各地的实验室正在加紧努力检测Omicron，了解其转播方式，并防止它进一步传播。 许多实验室现在使用所谓的S基因缺失分析方法、以及基于PCR的变异基因分型，将测序工作瞄准Omicron。 目前，所有目前已商业化的COVID-19分子诊断和快速抗原检测都被认为能够可靠地检测带有Omicron变异体的新冠病毒病例。 周二公布的美国食品和药物管理局FDA初步评估表明，在美国广泛使用的高容量PCR检测受影响的可能性很低，能继续发挥作用。 同样，诊断检测机构FIND的初步评估也发现目前的检测工具没有受到影响。这个全球健康非营利组织还指出，S基因靶点偶然失效的多重测试也可指出奥密克戎的存在，而这些测试中的其他靶点仍然可以用于发现阳性病例。 新冠病毒每一次变异都令人担忧，而Omicron变异尤其令人担忧，因为它的变异多达约50个，使其更具传染性，并可能使其逃避疫苗、人体自身免疫反应或抗体治疗。 它可以很容易地与Delta变体区分开来，因为Delta的S基因没有69-70缺失，意思是基因密码中有缺失的字母，这导致针对该区域的某些分析缺失，也不存在像Alpha、Beta、和Gamma这样的变体中存在的E484K和N501Y突变。 相反，Omicron在spike蛋白中有69-70缺失、E484K、N501Y和大约27个其他突变。 E484K突变尤其令人担忧，因为它已被证明让病毒逃避免疫反应，并可能抵抗某些基于单克隆抗体的疗法。 由Sikhulile Moyo领导的博茨瓦纳国家测序项目首次发现了Omicron变体。他的团队最近获得了比尔和梅林达盖茨基金会的资助。 随后在南部非洲的其他地方检测到了Omicron变体，然后全球范围内开始对其进行检测。 几乎在新变种被发现并命名后，全球各卫生机构就开始发出警报。世界卫生组织上周宣布Omicron是一种令人担忧的变体，美国疾病预防控制中心周二根据研究结果,检测Omicron疾病在南非的传播和转移，以及病毒的突变，表明COVID-19疫苗和某些单克隆抗体治疗的有效性降低。,将其归类为VOC. 公共卫生实验室协会的代表在周二的媒体简报会上表示，该协会将指示其成员实验室使用S基因缺失作为指标，以便在未来一到两周内集中进行测序工作。 监测试验旨在对人群进行无偏抽样，以推断疾病的总体流行率，而测序是监测变异的首选方法，因为它可以揭示新的突变，并提供可用于生成病毒簇和谱系以协助流行病学评估的数据。 美国SARS-CoV-2监测项目由CDC牵头，检测主要在公共卫生实验室和签约的私人实验室进行。这项工作在最近的资金支持下得到了大规模的扩展，尽管之前它因跟踪变种的速度不快而受到批评。 目前，监测SARS-CoV-2的68个州和地方公共卫生实验室每周对15000到20000个样本进行测序，占所有阳性病例的5%到10%。 仅在11月份，美国系统就对19万份标本进行了测序，其中包括公共卫生实验室、CDC和CDC签约实验室。 系统可以检测低至0.01%的病毒变异。 ApML的传染病主任Kelly Wroblewski说，Omicron变异体在实验室用TealMFisher TaqPATH COVID-19组合套件测试时，显示S基因目标失败。 五十六个公共卫生实验室有Thermo Fisher Scientific 系统，运行TaqPATH COVID-19测试。 S基因靶点检测失败是一个有用的筛查工具，它允许实验室对测序样本进行优先排序。能够增加Thermo Fisher检测使用率的实验室将在未来两周内这样做，这只是为了增加这一筛查，Wroblewski说，然后可以使用长读取测序对样本进行测序，以降低吞吐量和加快周转时间，或者可以将样本放在一个允许较小量运行的仪器上。等分样本也将发送到CDC，以便优先考虑对潜在的奥密克戎感染患者进行接触追踪。 然而，对S基因缺失的预筛查显然会在总体监测议程中增加抽样偏差，“我们只是采取这种立场，在未来一到两周内加强对S基因靶失败的监测，同时我们正试图找出S基因在美国的情况，并大致了解其地理分布情况。”沃布列夫斯基说。 一旦Omicron被检测并定位，“然后我们将恢复我们的标准监测，我们一直在这样做，这确实使我们的监测数据不偏向任何单一突变，因此我们对病毒变异的总体比例有比较好的了解。”她补充道。 为此目的，应随时提供必要的TaqPath分析。Thermo Fisher Scientific公共卫生和新兴市场的总经理Joshua Trotta说，该公司已经扩大了RT-PCR COVID-19检测制造业，并能够持续供应其客户。 Trotta说，该公司每周有能力提供2500万份化验报告，并补充说：“自从流感大流行开始以来，我们所做的投资使我们能够扩大我们的能力，以满足化验需求。” 另一个显示S基因缺失的高通量分析是应用DNA科学的Linea测试。该公司星期一宣布，它的Linea 2.0 COVID-19 Assay系统，将向纽约州卫生部提交，该检测将检测到N和E基因，其旗舰产品Linea COVID-19 Assay Kit检测试剂盒，从FDA收到紧急使用授权，现在被称为LIAEA 1.0, 有发现Omicron变异体特有的双S基因靶失败特性。 应用DNA科学注意到，其他S基因缺失分析可能只检测到一个S基因突变，即69-70缺失，而其最初构建的测试碰巧针对的在Omicron中发生突变的S基因的两个区域。 该公司在一份声明中说：“当使用Linea 1.0检测作为主要诊断时，这种独特的双S-基因靶点失效]可能导致感染Omicron变体的患者出现假阴性结果。然而，这种独特的模式可能允许Linea 1.0分析为Omicron变体提供高特异性反射试验。” 也有一些实验室开发了PCR检测来筛选变异，主要是跟踪当地变异比例，并加强测序工作。 一些公共卫生实验室也会进行这种类型的测试，许多公共卫生实验室已经在为诊断测试运行TaqPath。 从根本上说，两种筛查应该都可以用于识别Omicron，只要它们随后进行RNA测序。 换句话说，如果设计得当，缺失检测和阳性检测测试，结果是相同的。 相关阅读 |