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空间转录组学基因图谱为炎症性肠病提供了新的见解

作者:Magigen

瑞典卡罗林斯卡学院的研究人员使用一种称为空间转录组学(spatial transcriptomics, ST)的技术分析了小鼠结肠中的基因表达,并绘制了一张图,显示了组织中单个基因的表达位置。当他们将先前已知的人类转录数据叠加到地图上时,研究人员对炎症性肠病 (IBD) 有了新的认识。

该小组使用一种称为空间转录组学ST的技术来绘制小鼠结肠中单个细胞的基因活性图。这是**次有人能够可视化整个肠道的基因表达情况,包括健康和受伤后的恢复情况。

利用空间转录组学驱动的可视化技术使研究人员能够发现几个以前未知的方面,例如结肠被分成比以前想象的更多的部分。

当结果与来自人体组织的已知转录数据相结合时,科学家们注意到某些肠道细胞的位置在小鼠和人类中是相同的,这使得该模型成为了解不同疾病(如 IBD)如何影响肠道细胞的工具。

在早期的一项研究中,Eduardo J. Villablanca 的研究小组表明,溃疡性结肠炎可分为基因表达不同的两个亚组。利用新的图谱,他们发现,更难治疗的疾病的基因是在受损更严重的组织中发现的。

同样,基因图谱可用于查看结肠中人类细胞的活跃位置,这可以为新疗法和药物的开发做出重大贡献。

空间转录组学是由KTH皇家理工学院和卡罗林斯卡学院的科学家在 SciLifeLab 开发。它可以使组织中基因表达可视化。然而,为了可视化像结肠这样的长管状器官,这项研究背后的研究人员以一种新颖的方式应用了该技术。通过像瑞士卷一样卷起结肠,他们设法拟合,并绘制了一个长器官的整个基因表达图谱。

研究人员现在想使用相同的方法为从口腔到直肠的所有消化器官创建类似的图谱。他们的目标是为所有这些组织的基因表达创建参考图。

整个消化器官的基因图谱将在许多方面发挥作用,例如探索肠道细菌与细胞基因表达之间的联系,以及更好地了解不同饮食如何影响其各种功能。

该研究发表在《自然通讯》杂志上。

使用空间转录组学处理和分析整个小鼠结肠的管线

使用空间转录组学处理和分析整个小鼠结肠的管线。                   Credit: Ludvig Larsson.


参考文献

The spatial transcriptomic landscape of the healing mouse intestine following damage

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