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美格生物CRISPR基因编辑技术快讯 第四期

作者:Magigen

CRISPR技术快讯 Vol.4


具有最小附属切割活性的高保真Cas13变体靶向RNA降解

科学家报告了一种新型双荧光报告系统,用于检测哺乳动物细胞中的附属切割活性和筛选Cas13变异体。该团队分析了200多个工程化Cas13变体后发现了其中几个(包括Cas13d和 Cas13X)表现出有效的靶向活性,但附属切割活性显著降低。他们还发现,这些变体不存在由Cas13诱导的转录组范围的脱靶和细胞生长停滞。作者得出结论,具有最小附属切割活性的高保真Cas13变体现在可用于基础研究和治疗应用中的 RNA 靶向降解。


来源:Nature Biotechnology

https://doi.org/10.1038/s41587-022-01419-7


纳米酶催化的CRISPR检测用于非编码RNA的无预扩增检测

伦敦帝国理工学院、麻省理工学院和柏林Max Delbrück分子医学中心共同开发了一种名为 CrisprZyme的新分子生物标志物,可应用于心脏病和癌症等非传染性疾病的个性化**。 该测试将基于CRISPR–Cas的反应与纳米酶联免疫吸附测定相结合,使其在室温下通过催化金属纳米颗粒对Cas13介导的RNA检测进行定量和比色读数。该团队证明,CrisprZyme很容易适应基于横向流动的读数和不同的Cas酶,并且能够感应非编码RNA,包括microRNA、长链非编码RNA和环状RNA。预计CrisprZyme将作为基于CRISPR**的普遍适用的信号催化剂,这将扩大无预扩增、定量检测的靶标范围。


来源:Nature Biotechnology

https://doi.org/10.1038/s41565-022-01179-0


基于滚环转录扩增驱动的CRISPR-Cas12a的人类乳腺组织中FTO的单分子技术

一种新的方法使用CRISPR-Cas12a对人类乳腺组织中的脂肪量和肥胖相关蛋白 (FTO) 进行单分子计数。该程序基于滚环转录扩增,可以准确区分健康人和乳腺癌患者。

原理如下:

N6-甲基腺苷修饰作为哺乳动物细胞中的一种mRNA修饰是动态可逆的,由RNA去甲基化酶[如脂肪量和肥胖相关蛋白(FTO)]调节。FTO的异常表达与多种疾病(如各种癌症和肥胖)密切相关。在此,基于T7 RNA聚合酶介导的滚环转录(RCT)扩增驱动的CRISPR─Cas12a,证明了FTO在人类癌细胞和乳腺组织中的单分子计数。当FTO存在时,它将DNA底物去甲基化,启动DpnII介导的裂解反应。经磁分离后,裂解的DNA片段触发T7 RNA聚合酶介导的RCT扩增,激活CRISPR-/Cas12a介导的信号探针切割并释放大量FAM分子,通过单分子检测可简单计数。该方法利用在本实验中发现只有靶FTO才能产生CRISPR RNA,并且能有效提高检测特异性。单分子检测与磁分离相结合,实现了零本底,有效提高了检测灵敏度。该方法能特异、灵敏地监测FTO活性,检测限为1.20×10^-13M,可在单细胞水平测量FTO。此外,该方法还可以准确区分健康人和乳腺癌患者乳腺组织中FTO的表达水平,并筛选FTO抑制剂,在临床**和药物研发中具有很大的潜力。


来源:Analytical Chemistry

https://doi.org/10.1021/acs.analchem.2c02578


基于CRISPR-Cas12a多基因型,重症发热伴血小板减少综合征病毒**方法

研究人员开发了一种基于CRISPR- Cas12的**方法,可对发热伴血小板减少综合征病毒(SFTSV)的多个基因型进行**。该技术利用CRISPR-Cas12a系统结合逆转录重组酶聚合酶扩增(RT-RPA)技术建立了一种检测SFTSV的分子**技术。该方法检测SFTSV的反应时间为50min,与其他病毒无交叉反应,可用于快速、灵敏地**SFTS。


来源:PLos Neglected Tropical Diseases

https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0010666

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