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如何使用NEBcutter2.0 之二

作者:Magigen

NEBcutter2.0入门教程之二

在nebcutter入门第一部分内容中,我们用Moloney Murine LeukemiaVirus,MMLV病毒序列为示例。

在提交dna序列文件之后,如果没有错误提示的话,就可以见到以下页面:

nebcutter2b.png


nebcutter2.0酶切位点分析图


按输入序列文件时候的设定,该图显示了所有长度大于100个氨基酸的ORF。

显示了ORF侧翼区、最接近的单切限制酶位点。可以点击Flanking enzymes标签按钮显示ORF侧翼区的其他位点。长度以bp的比例尺下方显示的是该序列的单切限制酶,可以在下方选择2切、3切限制酶。

红色位点有平端,蓝色位点有5'延伸,绿色位点有3'延伸。将鼠标移到酶的名称上,可以得到识别序列和精确的切割坐标。

nebcutter2d.png

点击酶的名称后进入关于该酶的详细页面。可以见到限制性内切酶数据库REBASE的链接。


在正链发生裂解之后,这个数字与核苷酸相对应。点击酶的名称会进入一个描述该酶特性的网页。携带*或#标记的酶易受其识别序列中一个或多个碱基的DNA甲基化的影响。

在Alternative选项的显示图上,这些位置或切割位置带有x标记。

紫色显示的酶可从NEB获得,蓝色显示的酶可从其他商业供应商处获得。

符号#   该酶易受常见的大肠杆菌甲基化酶,Dam(GATC)、Dcm(CCWGG)、EcoBI(TGANNNNTGCT)或EcoKI(AACNNNNGTGC)甲基化的影响。

符号* 这种酶易受CpG甲基化的影响。

点击ORF躯干区域可以显示蛋白质序列,用进一步的选项可以定位侧翼限制性内切酶位点,或对序列进行BLAST。

nebcutter2c.png

nebcutter2.0 点击ORF区域后的页面。


点击ORF的末端,可以放大显示更详细的核苷酸序列、蛋白质序列和所有切割它的酶的信息。


nebcutter2.0主要参数解释:

Main options ,一些序列文件操作:

   Custom digest:自定义酶切反应。

   Availability: 选用不同厂家的酶。

Display:显示酶切次数

  1 cutter:显示酶切1次的全部酶切反应。

  2 cutters:显示酶切2次的全部酶切反应。

  3 cutters:显示酶切3次的全部酶切反应。

Zoom :放大大显示。点击标尺,选取一个位点,放大该点,选取两个位点,放大两点之间的区域。

List :酶列表。

   0 cutter:序列中没有位点的酶

   1 cutter:所有单切酶的列表

   2 cutters:所有双切酶的列表

   3 cutters:所有3切酶的列表

   Flanking enzymes:选定酶侧翼区,用鼠标点击标尺,选择一个区域,得到一个限制酶的列表,这些限制酶在离该区域末端的200个基点内切割,但是在选定的区域内不切割。


neb cutter的功能十分强大。nebcutter2.0已经成为了生物工作者的一个常用的软件。大家可以在实战中逐步熟悉其使用方法。


nebcutter2.0入门教程之一

文章分类: 美格商学院
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