如何使用NEBcutter2.0 之二

NEBcutter2.0入门教程之二

在nebcutter入门**部分内容中，我们用Moloney Murine LeukemiaVirus，MMLV病毒序列为示例。

在提交dna序列文件之后，如果没有错误提示的话，就可以见到以下页面：

nebcutter2.0酶切位点分析图

按输入序列文件时候的设定，该图显示了所有长度大于100个氨基酸的ORF。

显示了ORF侧翼区、最接近的单切限制酶位点。可以点击Flanking enzymes标签按钮显示ORF侧翼区的其他位点。长度以bp的比例尺下方显示的是该序列的单切限制酶，可以在下方选择2切、3切限制酶。

红色位点有平端，蓝色位点有5'延伸，绿色位点有3'延伸。将鼠标移到酶的名称上，可以得到识别序列和精确的切割坐标。

点击酶的名称后进入关于该酶的详细页面。可以见到限制性内切酶数据库REBASE的链接。

在正链发生裂解之后，这个数字与核苷酸相对应。点击酶的名称会进入一个描述该酶特性的网页。携带*或#标记的酶易受其识别序列中一个或多个碱基的DNA甲基化的影响。

在Alternative选项的显示图上，这些位置或切割位置带有x标记。

紫色显示的酶可从NEB获得，蓝色显示的酶可从其他商业供应商处获得。

符号#   该酶易受常见的大肠杆菌甲基化酶，Dam（GATC）、Dcm（CCWGG）、EcoBI（TGANNNNTGCT）或EcoKI（AACNNNNGTGC）甲基化的影响。

符号* 这种酶易受CpG甲基化的影响。

点击ORF躯干区域可以显示蛋白质序列，用进一步的选项可以定位侧翼限制性内切酶位点，或对序列进行BLAST。

nebcutter2.0 点击ORF区域后的页面。

点击ORF的末端，可以放大显示更详细的核苷酸序列、蛋白质序列和所有切割它的酶的信息。

nebcutter2.0主要参数解释:

•Main options ，一些序列文件操作：

   Custom digest：自定义酶切反应。

•   Availability: 选用不同厂家的酶。

•Display：显示酶切次数

   1 cutter：显示酶切1次的全部酶切反应。

   2 cutters：显示酶切2次的全部酶切反应。

   3 cutters：显示酶切3次的全部酶切反应。

•Zoom ：放大大显示。点击标尺，选取一个位点，放大该点，选取两个位点，放大两点之间的区域。

•List ：酶列表。

   0 cutter：序列中没有位点的酶

   1 cutter：所有单切酶的列表

   2 cutters：所有双切酶的列表

   3 cutters：所有3切酶的列表

   Flanking enzymes：选定酶侧翼区，用鼠标点击标尺，选择一个区域，得到一个限制酶的列表，这些限制酶在离该区域末端的200个基点内切割，但是在选定的区域内不切割。

neb cutter的功能十分强大。nebcutter2.0已经成为了生物工作者的一个常用的软件。大家可以在实战中逐步熟悉其使用方法。

nebcutter2.0入门教程之一